מסע הנשמות על פי ד"ר מייקל ניוטון עוסק בשלב בו הנשמה נמצאת בין הגלגולים, כלומר, ברובד הרוחני.
מטרת הטיפול היא לאפשר למטופל להתחבר לעבר הרוחני של נשמתו ולחקור את התהליכים והאירועים הרוחניים שמשפיעים על חייו הנוכחיים.
ההתחברות לשלב של הנשמה בין הגלגולים מאפשרת למטופל לחוות ריפוי רוחני עמוק, להתפתח ולהתקדם במסע האישי שלו. דרך תהליכי ריפוי רוחניים, מדיטציה והכלה המטופל יכול לחקור את המסע הרוחני של הנשמה שלו ולגלות תובנות חדשות.
במהלך הטיפול, המטופל מובל באמצעות הרפיה עמוקה ודמיון מודרך לעבר השלב בו נשמתו עוברת את המסע שלה ברובד הרוחני, מסיום הגלגול הקודם לעבר הגלגול הבא (הנוכחי), במסע זה הנשמה מסיקה מסקנות מהגלגול הקודם, פוגשת את משפחת הנשמות שלה ואת הנשמה התאומה שלה, בוחרת את השיעורים אותם היא מעוניינת לעבור בגלגול הבא (הנוכחי) ומתוך כך גם בוחרת את כל התנאים הנכונים על מנת לעבור את השיעורים שבחרה (המשפחה שאליה תיוולד, הגוף וכו').
הטיפול מאפשר למטופל לקבל תובנות רבות על מצבו בחייו הנוכחיים, על מהות מערכות היחסים בחייו, הקשיים, העכבות והחסמים. מתוך תובנות אלו, המטופל משתחרר מדפוסי חשיבה מעכבים, משנה נקודת מבט ומפתח גישה חיובית יותר לחיים.
